Wichtiger Teil der Station Basel war die Frachtabteilung. Sie bestand (Stand 1988) aus 15 Festangestellten in Büro und Frachthalle sowie weiteren 14 Teilzeitangestellten.
Die Frachtabteilung war für das Handling, die Palletisierung/Depalletisierung und Auslieferung der Fracht der von uns abgefertigten Frachtflugzeuge zuständig. Daneben führte sie auch Palletisierung für Flüge aus, die ab Zürich operierten, deren Frachtaufkommen aber in der Region Basel zu suchen war; die flugbereiten Palletten wurden per Camion nach ZRH überführt.
Für einzelne reine Frachtfluggesellschaften, in Basel selbst nicht domiziliert, amtete Balair Cargo auch als eigentliche Lokalvertretung: Air Inter (Bulk Cargo), British Air Ferries (Bulk Cargo und Autos), Seaboard World Airlines/Flying Tigers (pallettierte Fracht) und Cathay Pacific (ab ZRH). Die Trans Mediterranean Airways TMA hingegen hatte in Basel eine eigene Station. Diese Airline Operierte seit den frühen 60-ern mit allen möglichen Flugzeugen: Avro York, DC4, DC6, CL44, B707 und B747, wofür ein Jumbo-tauglicher Palettenheber angeschafft werden musste.
Im Jahre 1987 setzte Balair Cargo 17’250 Tonnen Fracht um und belud 2’500 Kleinflugzeuge (Weitere Zahlen sind heute nicht mehr verfügbar) in den späten Nacht- und frühen Morgenstunden. In Basel etablierte sich der neue Express-Frachtverkehr der Federal Express, UPS, DHL, XP Express etc. sehr früh, was seinen Grund hauptsächlich in den gegenüber ZRH vorteilhafteren Nachtflugstunden hatte. Auf diesem Gebiet war Balair Cargo eigentlicher Pionier in der Schweiz!
Bei der Fusion mit der CTA im Jahre 1993 wurde Balair Cargo in die Swissair Station integriert und diese später in die Swissport AG überführt.